Tom和Diana发现，原来NTAC就是这次瘟疫事件的幕后策划者，他们发现了政府掩盖事实的阴谋。NTAC并不是有意而为，只是为了阻止4400的超能力的影响扩大而秘密使用了抗化剂，但是副作用却引起了瘟疫。但是他们并没有想办法为4400生病的人治病，而是把精力放在了如何掩盖事实真相上。Tom和Diana开始潜入自己的机构内部，揭开隐藏的事实，并且试图及时找到治疗瘟疫的方法。